AlphaFold Veritabanı'na 2.800'den fazla virüsün protein kompleksi yapıları eklendi

Google DeepMind, Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EMBL-EBI), Nvidia, salgın hazırlık koalisyonu CEPI ve Glasgow Üniversitesi'nin de aralarında bulunduğu bir ortaklık, 2.800'den fazla virüsün protein komplekslerine ait tahmini üç boyutlu yapıları AlphaFold Veritabanı'nda herkese açtı. Yapılar AlphaFold2 ile tahmin edildi; işi binlerce virüs proteomuna yaymak için Nvidia'nın BioNeMo çıkarım yazılımı kullanıldı. Nvidia'ya göre eklenen protein etkileşimlerinin yaklaşık yüzde 30'u Protein Veri Bankası'nda daha önce belgelenmemiş biçimler içeriyor.

Nvidia, veri setini üretirken kullandığı GPU hızlandırmalı iş akışını da açık olarak yayımladı. Tahminler güven düzeyine göre etiketlendi. Veritabanında artık 260 milyonu aşkın protein ve protein kompleksi tahmini bulunuyor. EMBL-EBI, veri setinin az çalışılmış virüsleri de kapsadığını ve kısıtlı imkânlarla çalışan araştırmacıların önündeki engeli düşürdüğünü söylüyor.